產學合作課稅模式即將大幅變革，財政部本周函釋，2020年7月1日起，專題研究、檢測檢驗、技術服務、物質交換、諮詢顧問及創新育成等六類產學合作收入可免徵營業稅；但是技術移轉、智慧財產授權及轉讓費用，將課營業稅。
賦稅署指出，針對產學合作銷售額是否課徵營業稅，已經有很多年的討論，根據1986年函釋，產學合作代辦各項研究所取得的收入，屬於《加值型及非加值型營業稅法》中所規範的「教育勞務」，可以免徵營業稅；
不過2019年初又進一步認定，僅人才培育費用屬於免稅的「教育勞務」，其他產學合作項目如諮詢顧問、專利申請、技術移轉等收入，是應該課徵營業稅的。
官員指出，歷經教育部重新檢視法律適性後，建議除了教育勞務之外，亦可將部分銷售情形視為「研究勞務」，同樣可依營業稅法免課營業稅，財政部也於本周滾動發布最新函釋修正。
最新函釋主要適用範圍為專科以上學校，只要能符合
《專科以上學校產學合作實施辦法》及《政府科學技術研究發展成果歸屬及運用辦法》的規定，包括專題研究、檢測檢驗、技術服務、物質交換、諮詢顧問及創新育成等六類產生的銷售額，可視為研究勞務，免徵營業稅。
然而並不是產學合作中所有項目都可以納入免稅範圍，官員表示，包括技術移轉及智慧財產權的授權及轉讓費用，即相關授權金、讓與金等，都是基於研究成果產出再運用的銷售行為，還是要課徵營業稅。
官員表示，除了前述應稅及免稅項目，若產學合作結束後，研究成果是歸屬於教育機構，而非合作企業及機構，也不會產生收入，不會有課徵營業稅的問題。
新版產學合作課稅規定，將於新的學年開始上路，即以簽約日在2020年7月1日以後合作的案件適用；如果是在此篇函釋發布日前，已經依據去年函釋辦理產學合作取得的收入，尚未核課營業稅的規定，也可以從新制課稅，溢繳的情況也可以退稅。
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